Παρά τις λίγες σχετικές πληροφορίες που είχαν,οι Watson και Crick άρχισαν να δοκιμάζουν διάφορα δομικά μοντέλα με διπλή και τριπλή έλικα, στα οποία οι βάσεις βρίσκονταν στο εξωτερικό του μορίου. Tα μοντέλα αυτά ήταν όμως λανθασμένα. Στη συνέχεια ο Watson επηρεασμένος από μια σχετική εργασία κατασκεύασε ένα πρώτο μοντέλο με διπλή έλικα στο οποίο οι βάσεις ζευγάρωναν με όμοιές τους, π.χ. η αδενίνη με την αδενίνη, αλλά και αυτό κατέρρευσε. Τότε ο Watson είχε την ιδέα να ζευγαρώσει μεταξύ τους διαφορετικές βάσεις, την αδενίνη με τη θυμίνη και τη γουανίνη με την κυτοσίνη, μοντέλο που εξηγούσε και τη γνωστή ήδη πληροφορία ύπαρξης ίσων συγκεντρώσεων στο DΝΑ των βάσεων αδενίνης και θυμίνης, καθώς και γουανίνης και κυτοσίνης.